Nguyên nhân của vụ án đến nay vẫn chưa rõ ràng. Nhiều nhân vật bị bắt trong thời kỳ này cho rằng nguyên nhân của Vụ án Xét lại Chống Đảng là vì Lê Duẩn và Lê Đức Thọ muốn dùng "hiểm họa xét lại" để hạ bệ tướng Võ Nguyên Giáp.[30] Đồng quan điểm này trong bài "Revisionism in Vietnam" (1995), Judith Stowe cũng nói ông Võ Nguyên Giáp "là đối tượng chính của chiến dịch bài trừ khuynh hướng xét lại."

Tuy nhiên Sophie Quinn Judge lại cho rằng Vụ án Xét lại Chống Đảng thể hiện một cuộc đấu tranh tư tưởng, chứ không chỉ đơn thuần mang tính đấu đá cá nhân.[31] "Đó là cuộc cạnh tranh giữa [một bên là nguyện vọng] thống nhất dân tộc (trong khuôn khổ liên minh yêu nước), phát triển khoa học và tiến bộ kĩ thuật với [phía bên kia là] khát vọng cách mạng của quần chúng và sức mạnh biến đổi của cách mạng bạo lực. Nhóm thứ nhất dựa trên quan điểm rằng trí thức có vai trò quan trọng trong xã hội cộng sản, trong khi nhóm kia đặt giá trị cộng sản lên trên tri thức." [8]

Tuy nhiên, trong hồi ký của mình, Võ Nguyên Giáp phủ nhận việc ông có bất đồng với Lê Duẩn[cần dẫn nguồn], bản thân ông cũng ủng hộ quan điểm đấu tranh vũ trang giải phóng miền Nam. Ngoài ra, những nhà lãnh đạo Việt Nam chỉ ủng hộ quan điểm đấu tranh vũ trang của Trung Quốc, còn những vấn đề khác họ vẫn ủng hộ Liên Xô. Bởi thực tế họ cũng đã từ chối đề nghị của phó thủ tướng Đặng Tiểu Bình sẽ giúp đỡ mạnh mẽ hơn nữa nếu Việt Nam chấm dứt quan hệ với Liên Xô. Báo chí Việt Nam cũng bóng gió nói về "sự đe dọa từ phía Bắc" từ thời phong kiến. Trong một bài phát biểu tháng 5-1966, Lê Duẩn đã phản bác quan điểm của Trung Quốc, bảo vệ quyền được quan hệ với Liên Xô và đề nghị thái độ hòa giải với "các nước xét lại".

Đến thập niên 1990, các tài liệu do nhà sử học Ilya Gaiduk phát hiện tại kho lưu trữ của Liên Xô cho thấy trong quãng thời gian này, các nhân viên Đại sứ quán Liên Xô tại Hà Nội (có khả năng là có cả một số sĩ quan tình báo) quả thực đã liên lạc với một nhóm nhỏ các nhân vật bất mãn của Việt Nam Dân chủ Cộng hòa từng bị giáng chức từ nhiều năm trước đó. Nhóm bất mãn này đã yêu cầu Liên Xô can thiệp vào tình hình nội bộ của Việt Nam Dân chủ Cộng hòa[5] Theo Merle L. Pribbenow, miêu tả về nhóm này khá trùng khớp với các nhân vật bị bắt trong vụ án. Việc phát hiện những nhân vật trong nội bộ có liên hệ với tình báo Liên Xô là quá đủ để chính phủ Việt Nam Dân chủ Cộng hòa thực hiện các cuộc bắt giữ nhanh chóng, khi mà một mối nguy về gián điệp và khe hở về an ninh đã lộ diện